Khusus untuk petani baru, alga dalam sistem aquaponik atau hidroponik dapat menjadi perkembangan yang mengkhawatirkan. Mereka biasanya lebih merupakan gangguan daripada masalah nyata, tetapi mereka bisa lepas kendali jika tindakan pencegahan tidak diambil. Jika dibiarkan tidak dikelola, ganggang dapat mempengaruhi nutrisi dan pH sistem. Masalah yang disebabkan oleh alga lebih khas pada sistem akuaponik daripada sistem hidroponik, jadi kita akan membahas sistem aquaponik terlebih dahulu. Alga