Malformasi
Malformasi seperti sindrom sumbu notochordal dan edema perikardial dapat diekspresikan pada larva cobia awal (1–2 hari setelah menetas) dan berkontribusi pada tingkat kematian yang tinggi.
Penyakit bakteri
Kualitas air di lahan pertanian yang ketat dan program pemantauan kesehatan harus dilakukan untuk deteksi dini penyakit.
Hindari pemeliharaan larva di air dengan salinitas rendah dan/atau tinggi padatan tersuspensi halus untuk mencegah stres pernapasan dan wabah epitheliocystis (18-35 hari setelah menetas) yang disebabkan oleh bakteri intraseluler. Deteksi dini dan pengobatan epitheliocystis dengan pakan obat meningkatkan kelangsungan hidup.
Parasit
Dinoflagellata parasit Amyloodinium ocellatum dan parasit monogen seperti Neobenedenia girellae dapat mempengaruhi remaja awal, ikan ukuran panen, dan induk. Tanda-tanda awal berhubungan dengan kelesuan dan perubahan perilaku makan. Perawatan berulang untuk infestasi ulang mungkin diperlukan dalam sistem semi-tertutup seperti tangki resirkulasi atau kolam. Ini karena beberapa jenis telur parasit resisten terhadap pengobatan dan bertahan di lingkungan budidaya.
Nutrisi
Cobia memiliki kebutuhan nutrisi yang tinggi. Kekurangan atau kelebihan dapat menyebabkan penyakit dan penurunan kinerja pertumbuhan.
Kekurangan taurin dikaitkan dengan:
- hati hijau
- radang ginjal
- infeksi bakteri oleh Photobacterium dan Vibrio spesies.
Lipid makanan yang tinggi dapat menyebabkan pankreatitis dan peningkatan lemak visceral.
Catatan:Banyak bahan kimia yang digunakan dalam akuakultur, termasuk perendaman dan obat-obatan oral memerlukan saran dan resep dokter hewan sebelum digunakan.
Interseks
Cobia adalah spesies ikan gonokoristik pertama yang dilaporkan di Australia yang menunjukkan gonad interseks. Anomali reproduksi ini kemungkinan merupakan akibat dari pengganggu endokrin yang ada di air masuk. Kejadian tersebut dapat sangat mempengaruhi produktivitas.
Sumber daya terbuang sia-sia untuk mempertahankan individu dalam populasi induk yang tidak produktif secara seksual.
Interseks juga menekan pertumbuhan dimorfik seksual di mana kobia betina tumbuh secara signifikan lebih cepat daripada jantan setelah mencapai 2kg. Budaya monoseks betina dapat menghasilkan peningkatan produktivitas yang substansial untuk budidaya cobia.