Dalam sistem akuaponik terdapat ekosistem halus yang terdiri dari ikan, bakteri, dan tanaman. Agar semuanya bekerja dengan sempurna, setiap bagian dari sistem harus seimbang dan sehat. Ikan dituntut sehat untuk menghasilkan amonia yang diubah oleh bakteri menjadi nutrisi bagi tanaman. Jika ikan tidak sehat, produksi sampah melambat, mengakibatkan ketidakseimbangan sistem, dimana bakteri tidak cukup untuk tanaman. Jadi, penting bahwa penyakit ikan dikenali dan diobati dengan benar untuk memasti